熒光定量PCR儀試驗(yàn)中,質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)分子為何要線性化呢?
因?yàn)橐獧z測(cè)的目的基因如果不出意外的話,應(yīng)該是線性的吧,而用來(lái)定標(biāo)準(zhǔn)曲線的目的基因確是連接在環(huán)狀的質(zhì)粒上的。單從變性和復(fù)性的難易上就會(huì)有很大的區(qū)別,當(dāng)然會(huì)對(duì)引物的結(jié)合等各方面造成影響,且環(huán)狀的空間構(gòu)象和線性的空間構(gòu)象上的差異。
做標(biāo)準(zhǔn)曲線時(shí)的基本原則之一就是要盡量的模仿需要定量的基因所在的自然條件,所以說(shuō),如果做標(biāo)準(zhǔn)曲線時(shí)可以有條件做到用和你要檢測(cè)的基因一樣的標(biāo)準(zhǔn)品做標(biāo)準(zhǔn)曲線的話,就不要選擇把一段基因克隆到質(zhì)粒上。但是一般情況下是很難做到的。
熒光定量PCR儀的熒光定量本來(lái)就是很容易受到很多因素影響的實(shí)驗(yàn),當(dāng)然是要求嚴(yán)格,當(dāng)然如果檢測(cè)的基因本身就是環(huán)狀的,那當(dāng)然不用線性化了。線性化比較麻煩:首先要酶切,保證*酶切,才能全部線性化。
然后要回收,質(zhì)粒酶切后再回收容易被破壞,而且回收率也不是很高。線性化的質(zhì)粒不容易保存,相對(duì)于環(huán)狀質(zhì)粒來(lái)說(shuō)。所以,如果有實(shí)驗(yàn)證據(jù)證明不線性化的質(zhì)粒可以用,那就可以省去很多事情。
熒光定量PCR儀的擴(kuò)增曲線本底不斷升高是什么原因?
1、試劑質(zhì)量差是主要原因;
2、模板不純是另一個(gè)重要原因;
3、如果模板稀釋后基線還有一定的上升,結(jié)果分析時(shí)可以避開(kāi)初始的幾個(gè)上升厲害的循環(huán);建議選用質(zhì)量可靠的試劑。